Це рідкісні гори, що утворені не тектонічними процесами, а живими організмами — кораловими поліпами. Подібні за геологічними структурами скелясті гряди є тільки у Великобританії та США…
Колись, у далекому геологічному минулому, Медобори були морським рифом, що простягнувся на східному узбережжі теплого Сарматського моря, яке хлюпало своїми водами та території сучасної Подільської височини.
Назва місцевості походить від іллірійського «medubaris», що означає «між долинами», і не має нічого спільного з медоносними рослинами.
